虽然角膜屈光手术历经多年发展，已是非常成熟且安全的手术技术之一，但仍不可忽视并发症的问题。
①如角膜表层屈光手术操作简单，不用对基质操作，去掉角膜上皮后还可以再生，感但是，如果激光切削偏中心了，就会严重地影响患者的视觉质量。
②角膜基质层手术在制瓣过程中存在一定风险:角膜瓣做得越来越薄，如果激光能量不好或者操作不得当，可能会出现瓣的不均匀、碎瓣，甚至可能出现瓣的丢失。
③随着全飞秒的到来，这些继发于瓣的问题减少了。画画画虽然全飞秒微创、无忧，但也偶尔存在由于激光能量或者患者配合、患者角膜区内的特殊性，可能导致透镜取出不完整、透镜残留，甚至在分离透镜时操作过度，造成严重的视力损害、视功能下降。
④ 重要的一点是控制感染的问题，这是包括屈光手术在内的所有眼部手术 担心的问题。如果感染控制不得当，还可导致角膜需要板层移植或全层移植，甚至出现眼内的问题。
特别是术前、术后抗感染的问题。
